Как закрыть настольное приложение и сохранить расположение окон?

Чтобы восстановить расположение всех окон после закрытия приложения, вам необходимо нажать Выход в меню рядом с именем окна:

В версии для macOS эту кнопку можно найти в главном меню приложения: